Академичният параклис „Свети Климент Охридски“ към Богословски факултет на Софийския университет е основан в края на 1939 г. , шестнадесет години след построяването на сградата и откриването на Богословския факултет (през есента на 1923 г.).
Според историческите документи дълги години студентите-богослови нямали собствен параклис и ходели на богослужения в околните храмове. Едва през пролетта на 1939 г. Св. Синод решил да се извършат необходимите работи за направата и обзавеждането на параклис в зданието на факултета, за да се удовлетворяват религиозните нужди на студентите – клирици и миряни, които учат и живеят в общежитието при него. На скулптора – резбар Методи Балалчев било възложено да „изработи иконостаса, според представения от него план и според описанието, изложено в писменото му предложение, както и вратите с колонадите, според същото предложение и изработения от него план“. На художника – иконописец Н. Богданов възложили да изработи до края на месец август 1939 г. иконите за иконостаса, „както следва: големи олтарни икони на Спасителя, Св. Богородица, Св. Йоан Предтеча и Св. Климент Охридски; икона „Тайната вечеря“ над царските двери, както и образа на Разпятието над иконата и отделно стоящо Разпятие с предстоящи ликове на Св. Богородица и Св. ап. Йоан Богослов.“.
Новият параклис бил посветен на свети Климент Охридски, патрон на Софийския университет.
На 16 декември 1939 г. Софийският митрополит Стефан положил на престола в олтара на параклиса осветен антиминс, осветил иконите и църковната утвар, като отслужил и вечерня. Присъствали всички митрополити, начело с наместник-председателя на Св. Синод Видинския митрополит Неофит, всички преподаватели и студенти от факултета, както и външни богомолци.
На 17 декември 1939 е отслужена първата света Литургия в параклиса. Служил Неврокопският митрополит Борис, който произнесъл подходяща проповед. На вечернята и на литургията пял хорът от студенти-богослови.
Стенописите във вътрешната част на параклиса са изографисани през 1978 г. от Николай Ростовцев, руски художник, роден в Полша. (Ростовцев е участвал в гражданската война през 1917 г. и емигрирал с белогвардейските части през 1921 г. Завършил е Художествената академия в България през 30-те години на ХХ в.).
През 2006 г. художникът Иво Ковачев – Мистрала успява да превърне белите стени на коридора пред параклиса в естествено негово продължение. За период от шест месеца е зографисана площ от 100 кв. метра по проект, одобрен от Светия Синод. Стенописите са с новозаветни сюжети, пресъздаващи евангелски събития и теми от Светото Предание.
Таванът е изписан с четири медальона, издържани в българската традиция, със заемки на възрожденски мотиви. Те са Христос Пантократор, Богородица – Ширшая небес, Бог Саваот и Свети пророк и предтеча Йоан Кръстител. Фонът е син със златни звезди. На двете стени зографът е разположил по две сцени от най-важните църковни празници. На едната е пресъздал Рождество Христово и Възкресение Христово, в което обаче е отразен моментът от слизането на Христос в ада и освобождаването на душите, а на отсрещната – Благовещение и Успение на Пресвета Богородица.
Духовно обгрижване на параклиса
Източници: доц. д-р Христо Темелски, "Паметник на Българската екзархия или Висше богословско училище"; https://www.pravoslavie.bg/ 21/09/2006